南京大学城市规划设计研究院有限公司前身为创办于1985年的南京大学规划设计研究所，1995年获建设部甲级城市规划设计资质证书（证书编号[建]城规编第141105），并于同年建院，是当时国内综合性大学中唯一具有国家甲级资质的独立法人单位，并取得国家文物局授予的国家文物保护工程勘察设计乙级资质和国家旅游局颁发的旅游规划乙级资质。
近三十年里，公司植根于南京大学的科研环境，依托南京大学的综合学科优势和城市与区域规划的学科建设，遵循“依托著名高等学府，生产与教学科研并重”的基本思路，立足“学术创新、服务教学、突出特色”的办院宗旨，积极培养城市与区域规划的专业人才；坚持城市规划工程实践与科研、教育相结合的发展思路，结合高校的特点并利用高校智力资源密集的优势，积累了丰富的实践经验，形成了很强的技术优势，培养了一支专业全面、各具特色的规划设计队伍，推动产、学、研的协同互动发展，产生了良好而广泛的社会影响。
公司下设总经理办公室、总工办、财务部、经营办和各具特色的规划设计所及北京、上海、淮海、深圳四个分公司，技术人员150余人。公司规划项目涵盖城市发展战略研究、城市总体规划、城镇体系规划、详细规划与城市设计、历史文化名城保护规划、土地利用总体规划、风景园林及旅游规划，以及城市环境与生态规划、城市交通规划等专项规划。规划项目遍及全国各地，得到普遍好评，近三年共获得国际奖1项，***奖4项，省级奖40项，市级奖8项。
本公司将以优质、高效、创新的服务理念、雄厚的科研技术优势，紧密结合南京大学学术科研资源，为社会和学科发展服务。
深圳分院于2015年3月正式成立，是总公司的直属分支机构，也是总公司在南方地区的唯一分公司，其核心人员均具有国有大型设计院工作的经历。分公司专业能力涵盖区域规划、城乡统筹、城市战略、总体规划、专项规划、详细规划、城市设计、规划研究等多个业务范畴。在积极弘扬“南大规划”优良学术传统的基础上，深圳分公司拥有开放的国际视野和面向时代需要的创新精神，致力于将传统规划做出新意，存量规划做出特色，积极创新引领转型，为城市土地运营提供开发策划、可持续性规划和精细化设计，积极拓展智慧城市、公交城市、海绵城市、新区开发、社会规划、tod规划、城市更新、土地筹备等新型规划设计及咨询服务。