招商局南京油运股份有限公司主要经营石油运输、化工品运输、液化气运输、沥青运输和乙烯运输等。主要服务为油品运输、油品贸易。原油运输方面,公司主要从事国内沿海原油运输并辅以少量外贸运输。其中,内贸原油运输主要包括渤海湾地区、海进江以及长江口、宁波舟山地区等三大区域;外贸原油运输主要包括东南亚、东北亚和澳洲航线。成品油运输方面,公司主要从事外贸运输,主要营运区域包括东北亚、新加坡和澳洲以及中东和东非等;此外公司外贸成品油业务还有少量涉足美国、地中海和波罗的海等区域。化工品及气体运输经营区域为国内沿海、远东和东南亚航线。

　　招商局南京油运股份有限公司（以下简称本公司，在包含子公司时统称本集团）原名南京水运实业股份有限公司，是由南京长江油运公司（以下简称南京油运公司）联合长江沿线八家国有大中型石油化工企业共同发起，于1993年7月20日经国家体改委体改生[1993]120号文批准设立的定向募集股份有限公司。
　　1997年5月，经中国证监会证监发字[1997]232号和证监发字[1997]233号文批准，本公司公开发行3,500万股社会公众股并于1997年6月12日在上海证券交易所挂牌交易，股本为124,786,000元。
　　1999年9月，经中国证监会证监公司字[1999]78号文批复同意，本公司实施了配股，配股后股本增至149,576,920元。2000年9月本公司实施了每10股转增6股，股本增至239,323,072元。2003年10月本公司以资本公积转增股本239,322,982元；2002年8月13日本公司发行可转换公司债券3.2亿元，累计转增股本54,953,607元，股本增至533,599,661元。
　　2007年5月，本公司与南京油运公司签订《关于以资产置换差额认购非公开发行股份协议》，本公司将拥有的全部长江运输船舶及相关资产置换南京油运公司全部海上运输资产。2007年11月，经中国证监会证监发行字[2007]438号文核准，本公司采用非公开发行方式发行361,211,822股人民币普通股股票，南京油运公司以上述置入资产的评估净值扣除置出资产评估净值后的差额作价认购272,011,822股，南京油运公司以外的机构投资者认购89,200,000股。本次非公开发行股份实施完毕后，股本为894,811,483元。
　　2008年5月，本公司实施以未分配利润、资本公积转增股本715,849,187元，其中：
　　由未分配利润每10股送2股，资本公积每10股转增股本6股，分别增加股本178,962,297元和536,886,890元。截止2010年12月31日，本公司股本为1,610,660,670元。
　　2011年3月，经中国证监会证监许可〔2010〕1223号文批准，本公司向南京长江油运公司、华泰证券股份有限公司、中国太平洋财产保险股份有限公司非公开发行新股，发行数量为27,500万股，本次非公开发行完成后本公司股本为1,885,660,670元。
　　2011年6月，本公司实施2010年度利润分配及资本公积转增股本方案：分别增加股本169,709,460元和1,338,819,076元。截止2011年12月31日，本公司股本为人民币3,394,189,206元。
　　由于本公司连续四年亏损，2013年期末净资产为负值，2013年度财务报表被会计师事务所出具无法表示意见的审计报告，2014年6月5日起本公司股票被上海证券交易所摘牌。2014年8月6日，本公司股票在全国中小企业股份转让系统挂牌，证券简称：长油3；证券代码：400061。2015年4月20日起本公司股票在全国股份转让系统恢复转让，股票简称由“长油3”变更为“长油5”。
　　2014年11月28日，南京市中级人民法院作出（2014）宁商破字第9-4号《民事裁定书》，裁定批准《中国长江航运集团南京油运股份有限公司重整计划》（以下简称重整计划）。根据重整计划中“出资人权益调整方案”的规定，本公司以现有总股本为基数，按每10股转增4.8股的比例实施资本公积金转增股本，共计转增1,629,210,818股，转增后，本公司股本由3,394,189,206股增至5,023,400,024股。
　　2017年6月，根据《关于中国长江航运集团南京油运股份有限公司部分股份的股份转让协议》，本公司原控股股东南京油运公司将持有的本公司全部股权转让给中国外运长航集团有限公司。截至2017年6月28日，已办理完成相关过户登记手续，本公司控股股东变更为中国外运长航集团有限公司。
　　本公司实际控制人仍为招商局集团有限公司（以下简称“招商局集团”）。
　　2018年6月，本公司向上海证券交易所提交了股票重新上市的申请材料。于2018年11月2日，本公司收到上海证券交易所“关于中国长江航运集团南京油运股份有限公司人民币普通股股票重新上市交易的通知“（[2018]139号），并于2019年1月8日在上海证券交易所挂牌交易，证券简称：st长油;证券代码：601975。
　　2019年4月8日公司更名为招商局南京油运股份有限公司。2019年4月26日起公司证券简称由“长航油运”变更为“招商南油”。
2020年3月3日，本公司召开2020年第一次临时股东大会，审议通过了《关于以集中竞价交易方式回购股份的议案》。2020年3月23日，本公司实施了首次回购，2020年4月14日，本公司完成了本次回购，实际回购公司股份81,283,681股，占本公司总股本的1.62%。回购最高价为2.55元/股，回购最低价为2.37元/股，回购均价为2.46元/股，回购资金总额199,999,582.26元(不含交易费用)。经本公司申请，公司于2020年4月16日在中国证券登记结算有限责任公司注销本次所回购的股份81,283,681股，并及时办理变更登记手续等相关事宜。注销后，本公司总股本由5,023,400,024股减至4,942,116,343股。
截止至2020年6月30日,本公司股本为人民币6.1441亿元。本公司注册地为广东省广州市萝岗区云埔工业区云埔一路一号之二,总部办公地址为广东省广州市黄埔区开创大道728号保利中创孵化器3号楼212室。