广州呼吸疾病研究所（简称呼研所）位于广州医科大学附属第一医院（原广州医学院第一附属医院）内，创建于1979年，是国内成立最早的呼吸疾病研究机构之一，其前身是广州市第四人民医院慢性支气管炎防治小组。
1983年，被批准为硕士学位授予单位；
1993年，被评为广东省重点学科；
1994年，被评为广东省呼吸疾病研究重点实验室；
1996年，被广东省卫生厅批准为广东省“五个一”科技攻关工程重点实验室；同年，广州市教育基金百万行和广州市教委拨款250万建成广州呼吸监护中心；
1999年，被批准为国家药监局临床药理研究基地，同年与北京大学医学部联合培养博士后；
2000年，被批准为医学博士学位授予单位；
2002年，基础实验部搬迁至面积达3000平方米的海印实验室；同年，霍英东先生捐资1000万兴建的英东广州重症监护医学中心落成；
2003年，呼吸科获教育部重点学科，并在2006年复评中排名第一；
2004年，设立内科学博士后工作流动站；
2005年，与中科院广州生物医药与健康研究院成立呼吸疾病联合实验室；
2006年，胸外科被卫生部评为华南地区唯一的肺移植资质基地；
2007年，获科技部批准，建设国内唯一的呼吸疾病国家重点实验室，并于2010年6月正式通过验收，2011年3月首次通过科技部对重点实验室的评估；
2008年，胸外科成为全国三大胸腔镜培训基地之一；
2009年12月，《journalofthoracicdisease》（胸部疾病杂志）正式创刊；
2010年，呼吸疾病防治研究创新团队获广东省首届南粤功勋奖；呼研所被评为广东省呼吸医学工程技术开发中心；重症医学科被评为国家临床重点专科；中美、中加联合实验室分别成立；
2011年，胸外科被评为国家临床重点专科；
2012年，被评为广东省呼吸医学工程实验室；呼吸内科被评为国家临床重点专科；
2013年，获批成为我国首批13家国家临床医学研究中心之一。
呼研所现已成为国内领先、国际一流的，融呼吸疾病医疗、研究与教学为一体的单位。下设呼吸内科、胸外科、重症医学科、变态反应科等临床学科和基础实验、临床实验两个研究部门。其中，呼吸内科、重症医学科、胸外科均为国家临床重点专科，共开放床位350多张。